Descargue de la base de datos de Wisconsin, las secuencias correspondientes a las acetolactato sintasa de plantas

  • seleccione una de las secuencias que contienen la zona de lectura abierta o codificante completa: la de la planta Arabidopsis
  • cree una tabla de uso de codones para ese gen en particular
  • obtenga algunos genes más, no relacionados con la acetolactato sintasa, de la misma planta
  • cree una tabla de uso de codones para Arabidopsis en general. Para ello, cree tablas de uso de codones de otras tres secuencias individuales con el programa codonfrequency, y finalmente, combine todas las tablas en una usando el mismo programa (nota: se indica tres secuencias con el objeto de ahorrar tiempo en la práctica. La ínformación que se obtiene de una tabla de uso de codones es más significativa mientras mayor sea el número de secuencias individuales que la componen)



  • Obtenga la secuencia llamada Ecompa (número de accesion V00307 o J01654) de la base de datos preferida
    • descarguela en su directorio de trabajo habitual. Hágalo en el formato fasta, para que no contenga anotaciones. Se trata de que usted descubra las posibles fases de lectura que tiene este gen por si mismo
    • ejecute con esta secuencia y bajo el entorno gráfico de TeraTerm, el programa frames. Tome nota de cuantas fases de lectura sean posible, y anote la longitud de las mismas expresando el número de bases y el de aminoácidos que codifica. Trate de averiguar que posibles fases de lectura son más probables
    • ejecute con esta secuencia el programa codonpreference, también bajo el entorno gráfico de TeraTerm. Seleccione la fase o fases de lecturas que considere contengan con probabilidad alguna fase de lectura abierta
    • ejecute el programa testcode. 
    • Comente los resultados. Si quiere, descargue la secuencia completa con las anotaciones, y compruebe usted mismo lo que ha obtenido