Alineamiento Múltiple de Secuencias



1. [Tarea a realizar] Haga una búsqueda de secuencias completas de al menos cuatro glutamina sintetasa de plantas y haga una comparación con ellas usando el programaClustalW2. Identifique los bloques de ácidos nucleicos y de proteínas que sean conservados.
   • (NOTA: Aunque cuando se hace una aplicación seria y formal en un proyecto de investigación, es conveniente realizar la descarga del mayor número posible de secuencias (para darle valor estadístico y significación al estudio), en este caso vamos a hacer la comparación con solo 4 secuencias, para acortar el tiempo)
2. Valore dichos consensos. En particular explique si hay algún patrón significativo en las comparaciones

Secuencias de DNA (CDS) de 5 especies de plantas, 3 dicotiledóneas (Arabidopsis thaliana, Brassica rapa y Capsicum annuum) y dos monocotiledóneas (Oryza sativa y Zea mays). 

destacamos las secuencias que codifican para GS de Arabidopsis y Brassica (ambas de la familia de las Brasicáceas o Crucíferas), en la que se registra una puntuación de 90,penalización de -10 por hueco y -0,1 por extensión. 

Entre Zea mays y Oryza sativa observamos lo mismo, ambas monocotiledóneas y Poáceas, lo que nos sugiere conservación de las secuencias.

Vamos a comparar cDNAs y proteínas correspondientes a la GS CLOROPLÁSTICA.   

Análisis clustal de las secuencias que codifican estas proteínas (matriz blosum: -10 por hueco, -0,1 por extensión) 

La proteína glutamina sintetasa (GS) altamente conservada en todas las proteínas.

2.- Valore dichos consensos. En particular explique si hay algún patrón significativo en las comparaciones

con JalWiew, comparamos las secuencias alineadas de aminoácidos y de nucleótidos de las diferentes plantas.   

Con el DNA, usamos el algoritmo de blosum62 score, podemos observar conservación de algunas zonas de las secuencias. Regiones de funciones importantes evolutivas que se han conservado para codificar proteínas necesarias. También se puede observar el grado de consenso entre las distintas regiones.



[Tarea a realizar] Haga una comparación múltiple con las secuencias de proteínas P20472, P80079, P02626, P02619, P43305, P32930, Q91482, P02620, P02622, y P02627, y comente los resultados obtenidos.

1. Compare los resultados usando Clustal, Tcoffe y MUSCLE
2. Cambie las matrices de comparación de BLOSUM a PAM y discuta los resultados obtenidos (cuando el programa de comparación se lo permita)